Во время визита в Англию и Голландию государя Пётра I очень заинтересовали новшества, называемые кабинетом "кунштов", что в переводе означало "редкость, чудо". Царь решил, что непременно создаст такой же кабинет у себя на родине, и сразу же приобрёл первых "жителей" кабинета.

Даже переезд столицы в Санкт-Петербург не остановил Петра от постоянного пополнения экспонатов для кабинета, который переехал вместе с ним в Летний Дворец. Кабинет разрастался очень быстро, со всех концов России и мира в музей пребывали диковинные штучки.

Стоит заметить, что визитёры немного боялись экспонатов, тогда Пётр заманивал их в своё детище, наливая мужчинам водки, а дам угощая чашечкой кофе. В 1718 году музею было уже мало места, поэтому Пётр приказал разработать проект нового здания.

Строительство длилось очень долго, Пётр до его окончания так и не дожил, но то, что получилось в итоге, превзошло все ожидания: Европа не видела ничего красивее. Уникальность проекта заключалась в том, что вплоть до настоящего времени потребность в проведении капитального ремонта здания отсутствовала.

Здание на Васильевском острове – это два трёхэтажных корпуса, сооружённых в стиле барокко, с интересным куполом. Западное крыло отведено под академию наук, восточное – это коллекции музея, средняя часть – это анатомический театр, а в башне обосновалась обсерватория.